Pour une visite virtuelle du Jardin botanique, cliquez sur les légendes à droite correspondant aux numéros reportés sur le plan.

Le jardin extérieur présente différentes plantations dont un parc arborisé avec de grands arbres centenaires, une collection de plus de 80 variétés de roses et 180 d’iris qui encadre le jardin « système », le Jardin jurassien qui présente pas moins de 800 espèces de plantes indigènes.

Par la reconstitution de  différents environnements végétaux,  les serres créées en 1961, plongent le visiteur dans des atmosphères contrastées. Elles constituent aussi un formidable laboratoire pour la multiplication des plantes et constituent par là-même une importante collection de graines échangées avec les jardins botaniques du monde entier (voir Index seminum).

Le Jardin botanique s'étend aussi autour du Musée jurassien des sciences naturelles où d'anciennes variétés fruitières d'Ajoie sont conservées dans un arboretum.